知网论文查重工具是通过比对论文内容中的文字信息，来判断其原创性和重复程度的工具。其中，脚注是论文中的一种引用形式，一般不会被查重算法直接识别为重复内容。但是，脚注中的文字内容也会被算法检测到，因此建议在写作时谨慎处理脚注内容，避免与其他文献重复，以确保论文的原创性。

知网论文查重工具对脚注的处理方式主要取决于算法的设计和更新。一般情况下，脚注中的引用内容不会被直接算入重复部分，但部分算法可能会将脚注内容与其他文献进行比对，因此在写作时应当注意脚注的准确性和规范性，避免不必要的重复。此外，定期了解知网论文查重工具的更新和使用方法，对于避免脚注误判和提高论文质量都具有积极意义。